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在本地管理 PDF 和 EPUB 笔记，最稳妥的方式是把“原始文档、阅读位置、标注、长笔记和搜索索引”分开保存，但让它们通过稳定的文档身份和位置重新连接。文件夹只负责归类，真正决定以后能否找回内容的是位置、结构和导出能力。